簡単に言うと
「医薬品」はいわゆる「薬」であり、
・即効性がある場合が多い。
・「効きます」「効果がある」といった効果効能を標榜できます。
・「副作用」がある場合がある。
（風邪薬を飲むと眠くなる、抗がん剤を摂ると髪の毛が抜けるなど）

「健康食品」はあくまでも「食品」です。
・摂取し続けることで健康を維持する。
・「効きます」「効果がある」といった効果効能を標榜できません。
・あくまでも食品なので医薬品のような「副作用」はありません。

その他もろもろの明確な定義がありますが、大体このような感じです。
また薬事法は国によって違いがあり、
外国では「医薬品」として売られていても、
日本では健康食品として売られいるものなどもあります。